主任科员和正科的所属范围不同(主任科员是正科级职务下的一个领导名称);领导职务的不同(主任科员属于正科级，但属于非领导职务);工资不同(实职正科级略高于主任科员)。
所属范围不同，正科级是个统称，正科级是一个领导职务，主任科员是正科级职务下的一个领导名称。
领导职务的不同，主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。
工资不同，职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。各省职务工资规定不同，一般同一年参加工作的正科级领导职务和非领导职务的职务工资相差30至100元不等。
一级主任科员一般是由二级主任科员或者正科实职晋升过来的，待遇的话会比正科实职和原来的主任科员要高一点，介于正科实职和副处实之间，相当于是大正科。
职级晋升必须逐级晋升，因此要晋升四级调研员，必须先晋升一级主任科员，这也是好多单位正科实职对于一级主任科员特别渴望的原因。