1、培养方式不同
复旦金融学硕：作为学历教育，培养学术型人才为主，重点是基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的掌握和学习；
复旦金融专硕：作为职业教育，培养应用型人才为主，更多偏重于实务，学习的目的是为了解决实际工作中的问题。
2、课程设置不同：
复旦金融学硕：一般重视学术研究，会开设高级微观、高级宏观、高级计量、金融学理论等内容，重视学术研究能力，毕业论文的要求较高，同时还有科研能力的考察；
复旦金融专硕：则注重实践能力，对于个人的实务要求比较高，会开设证券分析、投资学、商业银行经营等科目，对个人实习经验有一定的要求。
3、录取标准不同
复旦金融学硕：以录取优秀的具备科研能力的人才为主，初试要求很高，复试重点对专业课知识及理论进行考察；
复旦金融专硕：以录取具备专业化素质的人才为主，初试要求偏低，复试重点对考生的综合素质进行考察，尤其重点对职业背景进行考察。
4、导师制度不同
复旦金融学硕：只有校内导师，主要任务在于科研，会和导师一起做研究；
复旦金融专硕：有校内导师和校外导师，一般会和校内导师做研究、做毕业论文等，校外导师会对实习有一定的帮助，对于学生实践能力有帮助。
5、学费学制不同
复旦金融学硕：学制为3年，学费是8000元/学年。
6、报考招生人数不同
复旦金融学硕：报考人数较少，招生人数远低于专硕。现在学硕越来越趋向于保研，或者是选择直博的，每年统考招收人数趋于减少。
复旦金融专硕：招生、报考人数较多。
